La prolifération des pseudotubules dans l'intestin provoque des lésions de la muqueuse, y compris des villosités intestinales responsables de l'absorption des nutriments. Une fuite de la muqueuse à l'intérieur des intestins se produit également, entraînant le passage de nombreuses substances toxiques (y compris les produits métaboliques des levures), ainsi que d'allergènes et de métaux lourds dans le sang. Le Candida albicans, quant à lui, "vole" le glucose et les acides aminés de l'hôte, le privant ainsi de ces nutriments.

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Dans le cas d'un système immunitaire humain non perturbé, une prolifération de levures peut se produire dans des conditions par ailleurs favorables au développement du Candida. Le principal facteur augmentant la probabilité d'une prolifération cellulaire excessive des organismes décrits est le non-respect d'un régime alimentaire sain - notamment la consommation excessive de sucreries, la réduction des aliments à base de fruits et de légumes, ainsi que l'utilisation excessive d'antibiotiques, le dérèglement de la flore intestinale, l'excès de stress et de stimulants (alcool, café, nicotine) - qui augmentent la sensibilité de l'organisme à la prolifération incontrôlée de Candida albicans dans les intestins.