L'amygdale pharyngée (troisième amygdale) est invisible à l'œil nu. Elle est située derrière le palais mou et la luette, en arrière et en haut, le long de la paroi arrière de la gorge. Cet organe est formé de tissus lymphoïdes comprenant des cellules qui éliminent les micro-organismes et produisent également des anticorps. L'amygdale pharyngée, avec les amygdales latérales (palatines) et d'autres petites communautés de tissu lymphoïde (y compris les amygdales de la trompette et de la langue), constitue la barrière protectrice de l'organisme (ce que l'on appelle l'anneau lymphatique pharyngé).