Depuis l'invention de la pénicilline au milieu du 20e siècle, les effets néfastes des antibiotiques sur l'organisme ont fait couler beaucoup d'encre. Les indications pour l'utilisation des antibiotiques sont variables et dépendent du site de l'infection, de l'agent pathogène ainsi que de la condition générale et de l'état clinique du patient. Malheureusement, les antibiotiques n'affectent pas seulement les bactéries pathogènes, mais aussi les bactéries appartenant à la flore physiologique naturelle, ce qui conduit à leur élimination et souvent à la stérilisation complète des zones où elles devraient physiologiquement être présentes.
Le rôle des bactéries saprophytes (bénéfiques) dans l'organisme est inestimable : elles participent à la régulation des processus digestifs, à l'absorption des électrolytes, au maintien d'un pH approprié dans le vagin et l'intestin, et sont un composant nécessaire de la barrière protectrice du système immunitaire.
Cependant, sous l'influence de l'antibiothérapie, cet équilibre "microbiologique" dynamique est très souvent perturbé. Les souches bactériennes bénéfiques telles que Lactobacillus et Bifidobacterium sont remplacées par des bactéries pathogènes aux effets néfastes, telles que Clostridium difficile, qui produit les toxines A et B et est la principale cause de diarrhée post-antibiotique persistante.
D'autres souches sont parfois présentes : le genre Enterococcus, Clostridium perfringens type A, Klebsiella oxytoca et d'autres, ainsi que des champignons, principalement de la famille Candida. Un déséquilibre de la microflore intestinale rend l'organisme plus sensible aux infections d'origine alimentaire causées par Salmonella, E.coli ou Listeria. Les déséquilibres à long terme de la microflore intestinale contribuent à augmenter le risque de cancer colorectal et de maladies inflammatoires de l'intestin, telles que la colite ulcéreuse.
Cependant, le symptôme le plus courant d'une microflore intestinale perturbée est la diarrhée. La prévalence de la diarrhée associée aux antibiotiques chez les adultes est estimée entre 5 et 30 %, dont environ 20 % chez les patients traités à l'hôpital. Chez les enfants, en revanche, elle varie de 11 à 40 %, avec une prévalence inférieure à 2 ans.
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Outre le jeune âge, le type d'antibiotique utilisé est un facteur favorisant la survenue d'une diarrhée post-antibiotique. S'il est vrai que tout antibiotique peut provoquer une diarrhée, les préparations antibactériennes à large spectre actives contre les bactéries anaérobies - aminopénicillines, aminopénicilline avec acide clavulanique, certaines céphalosporines et clindamycine - présentent le risque le plus élevé.
