La deuxième partie de ce document traite des maladies à évolution chronique, ou à long terme. Un enfant atteint d'une maladie chronique nécessite des soins attentifs et l'administration systématique de médicaments. Pour toutes les maladies chroniques, il est important de prévenir les exacerbations, y compris la protection contre les infections. Des vaccinations supplémentaires, par exemple contre la grippe, sont conseillées. Ces vaccinations doivent également être envisagées pour les autres membres du ménage - c'est ce que l'on appelle la "stratégie du cocon". Les maladies aiguës sont abordées dans la première partie.