Les principales causes de carences sont une alimentation pauvre en vitamines et en minéraux, la consommation d'aliments fortement transformés, l'appauvrissement des sols et le stress. Les personnes qui suivent un régime à base de plantes, qui souffrent de maladies chroniques ou qui s'entraînent de manière intensive présentent également un risque plus élevé de carences en nutriments.